市立见泷原中学，再度迎来平静又祥和的一天。就读二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和好友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）热烈讨论恋爱话题，尽情享受着少女的青春欢乐。此时，班上转来了新生晓美焰（斋藤千和 配音），这个略带神秘气质的女孩让小圆心生疑惑。与沙耶加放学回家途中，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急关头，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）相助，从而得知那只叫丘比的生物具备让人变成魔法少女的能力。少女们不经意间开启了通往另一个世界的大门…… 本片是魔法少女的剧场版，分三部上映，由 TV 版 12 话重新剪辑编排而成。